Die direkte Forschungsförderung des bm:bwk konzentriert sich im Wesentlichen auf die Förderung von Einzelprojekten und Programmen im Rahmen des Offensivprogramms II. Dabei liegt der Nachdruck auf den Strategiefeldern „ Förderungen für den Forschungsnachwuchs“, „Internationalisierung der Forschung“ und auf dem Ausbau der Forschungsinfrastruktur an universitären und außeruniversitären Einrichtungen.
Zu den indirekten F&E Fördermaßnahmen zählen die Globalbudgets der Universitäten, die die Investitionen und den Aufwand für die universitäre Forschung beinhalten; weiters die Grundfinanzierung der Österreichischen Akademie der Wissenschaften, der Wissenschaftlichen Anstalten und einer Reihe von außeruniversitären Organisationen. In Zukunft wird die Förderung von Forschungseinrichtungen stärker mit kompetitiven Elementen versehen. Als Grundlage der Bewertung dienen die mittelfristigen Strategien und Konzepte der geförderten Forschungseinrichtungen und regelmäßige Evaluierungen durch internationale Gutachter.